Scientific Social Collaboration

Januar 24th, 2012

I'm totally convinced that a key of successful cooperation in science is the sharing of information. This issue needs to employ collaborative software to communicate and share data, which I summarised some years ago (see my somewhat outdated poster). A more actual approach to collect and, more important, categorise some of the technologies is done by Romano et al. (2011). I'm aware that the authors have to balance on the border line of mention the most useful tools for bioinformatics and the danger of a messy link archive. I also totally agree that the missing inter-connection between the tools (not just the mentioned networks) is the biggest problem right now. On the other hand, I think the article is not paying enough attention to the exchange of scientific publications. Inside a spatial distributed project group, this may become a distinct issue. In particular I missed a notification of Bibsonomy (Benz et al. 2010), which I presently test.
Among public sharing, the website allows to store publication lists for private or group purposes. It also includes a pretty number of export options, so that collaborators can use them in their desired way. Using the provided JabRef-plugin, the synchronising of local stored publications and the website is simple. But it is noteworthy, that there is still potential for improvements. For example no subgroup-function is implemented and the JabRef-plugin offers only options for private or public visibility, but not for group wide visibility. Presently I use the JSON export function of Bibsonomy in cooperation with JabRef and a render plugin to easily create reference lists for blog posts (later more when the plugin is working like a charm).

References

[Benz et al. 2010] DOMINIK BENZ; ANDREAS HOTHO; ROBERT JäSCHKE; BEATE KRAUSE; FOLKE MITZLAFF; CHRISTOPH SCHMITZ; GERD STUMME: The Social Bookmark and Publication Management System BibSonomy In: The VLDB Journal 19 (2010), Nr. 6, P. 849--875, DOI:10.1007/s00778-010-0208-4

[Romano et al. 2011] PAOLO ROMANO; ROSALBA GIUGNO; ALFREDO PULVIRENTI: Tools and collaborative environments for bioinformatics research. In: Brief Bioinform 12 (2011), Nr. 6, P. 549--561, DOI:10.1093/bib/bbr055

Monty Hall and Pigeons

Januar 21st, 2012
A pigeon
Picture: Alan D. Wilson, www.naturespicsonline.com, Copyright: CC-Attribution-ShareALike 3.0

Last time I was excited about the Monty Hall Problem. Accidentally I read a blog post dealing with pigeons and referring to Herbranson and Schroeder (2010) where the authors analyse the performance of pigeons to solve this puzzle. Compared with former published studies, the pigeons outperform human test candidates. Very fascinating topic. Now I want to see a competition between budgies and pigeons.

References

[Herbranson and Schroeder 2010] WALTER T. HERBRANSON; JULIA SCHROEDER: Are birds smarter than mathematicians? Pigeons Columba livia perform optimally on a version of the Monty Hall Dilemma. In: Journal of Comparative Psychology 124 (2010), Nr. 1, P. 1--13, DOI:10.1037/a0017703

Blog updated

Januar 15th, 2012

So, nu hab ich endlich mal Zeit gehabt meinen Blog neu zumachen. Das ist dann doch mehr als man vermutet. Damit ich auf der sicheren Seite bleibe hab ich die Datenbank lokal geupdatet. Gott sei Dank, ich musste nämlich eine Zwischenversion installieren. Danach hab ich dann mal mit der .htaccess gekämpft und teste jetzt mal Twitter.

Eine Sache, damit ich mir das selber merken kann: Das LaTeX-Plugin scheint nicht mehr in der neuen b2evo Version zu funktionieren. Da muss ich irgendwann mal selber Hand anlegen.

Kurze Ausfahrt

Januar 22nd, 2011

Die Fahrradsaison ist wieder eröffnet. Aber vorher ein kurzer Rückblick auf die 2 Wochen Training. Das Gewicht geht deutlich nach unten (-2kg), die Fitness steigt zwar, aber viel zu langsam. Am Freitag hab ich auf dem Laufband wieder einen zuviel bekommen. Verdammt! Ich verstehe das ehrlich nicht. Beim letzten Trainingsbeginn hat es nur 2 Wochen gedauert, und ich bin 25-30min zur Erwärmung gelaufen, jetzt breche ich nach 15min ab, weil der Puls jenseits von gut und böse ist. Nächsten Freitag werde ich mir das nochmal antuen und hoffen das es besser wird. Bisher geht es an drei Tagen der Woche in das Fitnesscenter, viel Ergometer, CrossStepper und die sogenannte Easyline. Demnächst kommt dann auch Radtraining hinzu. Dafür musste ich aber wenigstens die Klamotten testen und genau dafür bin ich heute mal wenigstens 10km gefahren. Auch das Wetter ist genau richtig dafür, knapp über den Gefrierpunkt und feinster Nieselregen, dazu ein leicher Wind von Nordwest.
Ich fang mal unten an aufzuzählen.

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Anfangserfolg

Januar 19th, 2011

Nanu, was war den nun los? Letzte Woche wäre ich auf dem Laufband nach 15min fast zusammen gebrochen, der Puls war irgendwo bei 200+ und heute ging alles so einfach und mit Zugabe. Auf dem Ergometer blieb der Puls zwischen 120-140 Schlägen und auf dem Cross-Stepper hab ich nur aus Zeitgründen abgebrochen. Das alles obwohl ich letzte Nacht zuwenig Schlaf bekommen habe... Auf jeden Fall sind erst mal 1.5kg wieder weg. Die nächsten 2 Wochen wird weiter Grundlagenausdauer trainiert und dann mal schauen wie es weiter geht. Ob man mal einen Tag ganz ohne Kohlenhydrate einlegen sollte?
Anderes Thema: Wie lange braucht die Deutsche Bahn eigentlich, bis sie mir meine neue Bahncard zuschickt? Ich muss dringend ein Ticket buchen und will die "Bonuspunkte" nicht verschenken! Grrrr.
Dafür habe ich schon mal ein Hotel für einen Wochenend-Kurzurlaub im Harz gebucht. Ein kleines Fahrtechniktraining, damit ich mit der Lutzi auch irgendwann mal umgehen kann, den geradeaus kann ja jeder :)